本佐倉城の城域は、半島状台地先端より城山、奥の山、倉跡、セッテイ山、荒上の五つの郭がほぼ直線的に並び、それに付随する腰郭や帯郭、物見台などが構築されている。更に、奥の山南側の低く入り込んだ湿地帯を隔てた向根古谷の台地上に、外郭としての郭が構築されており、これらを含めて本佐倉城の城域としている。
Ⅰ郭(主格または城山)、Ⅱ郭(奥の山)、Ⅲ郭(倉跡)、Ⅳ郭(無名郭)、
Ⅴ郭(東山馬場)、Ⅵ郭(東光寺ビョウ)、Ⅶ郭(セッテイ山)
Ⅷ郭(荒上)、Ⅸ郭(向根古谷)、Ⅹ郭(佐倉根小屋)
【城山(Ⅰ郭)】
【奥の山(Ⅱ郭)】
【倉跡(Ⅲ郭)】
【Ⅳ郭】
現時点では郭に名前が付いていない。武士の屋敷が存在したことも推測されるが、まだ使用目的や郭の性格などはっきりした事は解明されていない。
【東山馬場(Ⅴ郭)】
名前の通り馬場と考えられ馬場施設の存在が推測されるが、広い面積を有するにもかかわらず、建物跡などはまだ確認されていない。
【東光寺ビョウ(Ⅵ郭)】
内郭群の北側に位置し、二つの北側に突出した物見台によって守られた広大な空間。平場と帯郭、それに倉跡やセッテイ山に続く虎口で構成されるが、郭の性格は現時点では明確でない。
【セッテイ山(Ⅶ郭)】
【荒上(Ⅷ郭)】
【向根古谷(Ⅸ郭)】